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【第五十五期】AI+药物研发领域一周资讯

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发表于 2022-12-1 20:11:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
前言

AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号,从 AIDD会议、AIDD招聘,重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度,分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件,旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议,欢迎后台留言。
‍科研进展


  • 2022年11月23日【蛋白质降解】J. Am. Chem. Soc. | 作为用于整合促进的靶向蛋白质降解的分子降解剂的双功能化合物
  • 2022年11月22日【图神经网络】J. Chem. Inf. Model. | 预测microRNA介导的药物敏感性的双通道异构图神经网络
  • 2022年11月22日【CYP4Z1抑制剂】J. Med. Chem. | 通过先导物优化鉴定一种新的强效CYP4Z1抑制剂降低乳腺癌细胞的干细胞性
  • 2022年11月21日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | 用于低数据药物发现的少量学习
  • 2022年11月21日【虚拟筛选】ACS Symposium Series | 基于结构的虚拟筛选和分子动力学模拟识别SHP-2潜在竞争抑制剂
  • 2022年11月21日【蛋白质动力学】ACS Symposium Series | 利用修饰的长链脂肪酸探索细胞内脂质结合蛋白的蛋白质动力学
  • 2022年11月21日【SARS-CoV-2】ACS Symposium Series | 利用纳米金胶体表面等离子体共振研究蛋白质-蛋白质相互作用:应用于SARS CoV-2刺突蛋白包覆金胶体
具体信息:
1.【蛋白质降解
作为调节蛋白质水平的有效方法,靶向蛋白质降解技术近年来引起了人们的极大关注。在这里,我们建立了一种新的整合素促进的溶酶体降解(IFLD)策略,使用双功能化合物作为分子降解剂来降解细胞外和细胞膜蛋白。通过将靶蛋白结合配体与整联蛋白识别配体缀合,所得分子降解剂被证明能高效诱导细胞外或细胞膜蛋白以整联蛋白和溶酶体依赖的方式内化和随后降解。正如在BMS-L1-RGD(一种有效的程序性死亡配体1 (PD-L1)降解剂,在体外和体内均得到验证)的开发中所证明的,IFLD策略扩展了调节分泌蛋白和膜相关蛋白的工具箱,因此具有应用于化学生物学和药物发现的巨大潜力。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.2c08367
DOI:https://doi.org/10.1021/jacs.2c08367
2.【图神经网络
许多研究证实,microRNAs (miRNAs)介导肿瘤细胞对抗癌药物的敏感性。MiRNAs正成为一种有希望克服耐药性的治疗靶点。然而,人们对miRNAs和药物敏感性之间联系的计算预测关注有限。在这项工作中,我们提出了一种基于异构网络的表征学习方法来预测miRNAdrug敏感性关联(DGNNMDA)。通过整合miRNA相似性网络、药物相似性网络和实验验证的miRNA-药物敏感性关联,构建了miRNA-药物异质网络。接下来,我们开发了双通道异构图神经网络模型,以在同构和异构节点之间执行特征传播,以便我们的方法可以学习miRNA和药物节点的表达表示。在两个基准数据集上,我们的方法优于其他七个竞争方法。我们还验证了特征传播在同构和异构节点上的有效性。此外,我们进行了两个案例研究以验证我们方法的可靠性,并试图揭示miRNAs介导的药物敏感性的调控机制。源代码和数据集可以在https://github.com/19990915fzy/DGNNMDA.免费获得
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01060
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01060
3.【CYP4Z1抑制剂
以癌症干细胞为靶点的药物治疗正在成为癌症治疗和预防的新疗法。人细胞色素P450酶CYP4Z1代表了一个有希望的靶点,因为它在减弱乳腺癌细胞的干细胞性方面具有潜在作用。为了开发有效的选择性CYP4Z1抑制剂,从泛CYP抑制剂HET0016出发,合理设计并合成了一系列新的n-羟基苯基甲脒。评估了新合成衍生物的CYP4Z1抑制活性,并总结了构效关系(SARs)。其中,化合物7c表现出最好的抑制活性,其IC50值为41.8 nM。此外,发现7c在体外和体内以浓度依赖的方式降低干细胞标记的表达、球状体形成和转移能力以及肿瘤引发能力。总之,化合物7c可能是开发具有更好成药性的CYP4Z1抑制剂用于治疗乳腺癌的潜在先导化合物。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.2c01320
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.2c01320
4.【药物发现
在药物发现中通过基于配体的虚拟筛选发现新的命中结果本质上是一个低数据问题,因为数据获取既困难又昂贵。对大量训练数据的需求阻碍了传统机器学习技术在该问题领域的应用。这项工作探讨了少镜头机器学习的命中发现和线索优化。我们在现有技术的基础上引入了两种新的基于度量的元学习技术,原型网络和关系网络。我们还探索使用不同的嵌入,即扩展连接指纹(ECFP)和通过图卷积网络(GCN)生成的嵌入,作为分类神经网络的输入。这项研究表明,在毒性和LBVS实验中,通过GCNs学习嵌入始终比扩展连接指纹表现更好。我们的结论是,少镜头学习的有效性高度依赖于数据的性质。少量学习模型很难在MUV和DUD-E数据上表现一致,因为这些数据中的活性化合物在结构上是不同的。然而,在Tox21数据上,少射模型表现良好,并且我们发现原型网络优于基于匹配网络架构的最先进的网络。此外,训练这些网络的速度要快得多(高达190%),因此只需花一小部分时间来训练,就能获得相当或更好的结果。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c00779
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00779
5.【虚拟筛选
Src homology region 2 (SH2)-含蛋白酪氨酸磷酸酶2 (SHP-2)参与RAS/RAF/MEK/ERK等多种细胞信号转导途径的调控,其调控失调与多种癌症相关。迄今为止,由于SHP-2的理化性能较差,尚无竞争性抑制剂进入临床试验。为了识别具有更好效力和理化特性的潜在SHP-2抑制剂,我们对从ZINC15类药物库中检索的约1700万个化合物进行了严格的基于结构的虚拟筛选,以识别潜在的SHP-2竞争性抑制剂。采用诱导拟合对接(IFD)优化了基于Glide XP高对接分数和结构多样性的前30个点击的绑定位,并采用200 ns分子动力学(MD)模拟检测了绑定模式的稳定性。此外,为了更准确地预测结合亲和度,采用MM-GBSA结合能分解法计算结合亲和度。根据MM-GBSA结合能评分和进一步的ADMET过滤筛选出最后8个命中值。8个羧酸衍生物跨越SHP-2的催化通道,与活性位点的残基持续相互作用,其中包括一些催化必需氨基酸。这些潜在的SHP-2抑制剂可能为进一步优化发现具有更好理化性能的强效抑制剂提供更好的支架。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/bk-2022-1428.ch008
DOI:10.1021/bk-2022-1428.ch008
6.【蛋白质动力学
细胞内脂结合蛋白(iLBPs)在脂质有效性和信号通路中起着至关重要的作用,使其成为可能的治疗靶点。其中一种特殊的iLBP是FABP5,这是一种脂肪酸结合蛋白,与自然产生的视黄酸结合,激活过氧化物酶体增殖子激活的受体β/δ,导致细胞生长和增殖。其他长链脂肪酸配体与FABP5的竞争性结合可以减少细胞不必要的过度生长。最近,FABP5的计算研究的增加为结合过程提供了洞察。本章的重点是配体启动构象在蛋白质动力学中的作用。对两种修饰过的长链脂肪酸进行了9 ~1 μs分子动力学(MD)模拟。本科生在这个项目中进行研究的方法也将被讨论。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/bk-2022-1428.ch009
DOI:10.1021/bk-2022-1428.ch009
7.【SARS-CoV-2
采用SERS(表面增强拉曼散射)成像技术对纳米金胶体吸附的SARS-CoV-2 α刺突蛋白(s蛋白)进行了研究。s蛋白在胶体上形成蛋白质冠状结构,使蛋白质-蛋白质相互作用成为pH的函数成为可能。在酸性条件下(即pH ~3), s蛋白通过RBD(受体结合域)片段的展开构象表现出聚集的迹象。当pH值在酸性(pH ~3)和碱性(pH ~11)条件之间反复循环时,聚合是准可逆的,在pH ~3时形成聚合体,在pH ~11时发生变形。确定的构象和准确的吸附取向尚未确定。然而,这种聚集行为与Omicron s蛋白进行了比较,观察到类似的pH可逆构象变化。这项技术随后被用于研究s蛋白与已知受体ACE2之间的结合。在s蛋白包被的50 nm金胶体中加入ACE2,表现出两种随时间变化的可逆聚集现象。这项工作表明,被SARS-CoV-2蛋白冠状病毒包裹的纳米颗粒的聚集过程受外部pH值的变化控制,并且是s蛋白变体特异性的。该SERS成像是在本科实验室环境下进行的,成功地将先进的分析化学技术与当前的科学进展(COVID-19大流行)连接起来。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/bk-2022-1429.ch009
DOI:10.1021/bk-2022-1429.ch009
药企动态


  • 2022年11月24日【复宏汉霖】复宏汉霖与复星医药、真实生物达成6000万元临床服务协议
  • 2022年11月24日【华海药业】首个!华海药业CD73复方制剂在美获批临床
  • 2022年11月23日【Strategia】捷思英达与美国Strategia公司成立JSI Ventures Inc.整合全球研发业务
  • 2022年11月23日【歌礼制药】歌礼制药3CLpro抑制剂获FDA临床批准
  • 2022年11月22日【CSL Behring】全球首款!B型血友病基因疗法获批上市
  • 2022年11月21日【德睿智药】德睿智药首条AI辅助设计药物管线向FDA提交IND申请
  • 2022年11月21日【默沙东】默沙东以13.5亿美元收购Imago BioSciences
各动态具体信息,请滑动下方文字
1.【复宏汉霖

11月24日,复宏汉霖宣布,其与真实生物及复星医药产业发展订立临床试验研发服务协议。据此,复宏汉霖同意向真实生物及复星医药产业发展提供有关阿兹夫定与新型冠状病毒预防相关的临床试验研发服务,包括临床项目设计及管理服务。
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2.【华海药业

11月24日,华海药业宣布,其子公司华奥泰生物自主研发的HB0045注射液临床试验申请获得FDA批准,用于晚期实体瘤的治疗。
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3.【Strategia

11月23日,捷思英达医药技术有限公司宣布,公司和美国Strategia Holdings LLC签署协议,在美国波士顿创建JSI Ventures Inc.(JSV),全面整合捷思英达和Strategia公司管理团队和新药研发项目。Strategia公司创始人Keizo Koya博士出任新公司JSV的总经理,并加入捷思英达董事会。此次交易全面提升捷思英达在美国临床开发、转化医学研究和国际商务拓展的能力。
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4.【歌礼制药

11月23日,歌礼制药有限公司宣布,美国食品药品监督管理局(FDA)已批准其新冠口服候选药物蛋白酶(3CLpro)抑制剂ASC11的新药临床试验(IND)申请。
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5.【CSL Behring

11月22日,FDA宣布,uniQure与CSL Behring的B型血友病基因疗法etranacogene dezaparvovec(AMT-061,CSL222)获FDA批准上市,用于治疗B型血友病成人患者。这是首款被批准用于B型血友病的基因疗法。
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6.【德睿智药

2022年11月21日,德睿智药(MindRank)在完成与FDA新药临床试验申请前沟通会议(pre-IND)后,已向美国食品药品监督管理局(FDA)正式提交其自主研发的潜在“Best in class”非竞争性口服胰高血糖素样肽1(GLP-1)受体小分子激动剂MDR-001的二型糖尿病以及减重适应症新药临床试验(IND)申请,并获得受理。
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7.【默沙东

2022年11月21日,默沙东和Imago BioSciences公司宣布,两家公司已达成最终协议,默沙东将通过子公司以每股36.00美元的现金收购Imago,总股本价值约为13.5亿美元。
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会议信息


  • 2022年11月28-30日 易贸医疗药明生物举办2022第六届生物药工艺发展峰会
  • 2022年12月1-3日 中国生物发酵产业协会举办2022第十届上海国际生物发酵产品与技术装备展览会
  • 2023年2月22日-23日 求实药社举办第六届求实抗体药物深度聚焦峰会
  • 2023年3月10日-12日 宁波前湾新区管理委员会美中医药开发协会(SAPA-China)举办SAPA-China中美连线&全球新药创新与临床开发大会
  • 2023年4月27日-28日 举办I-RNA 2023 第三届核酸药物产业深度聚焦论坛
各会议具体详情和参会方式:
2022第六届生物药工艺发展峰会

主办方:易贸医疗药明生物
会议时间:2022年11月28-30日
会议地点:南京
会议主旨:深耕工艺技术,加速生物药发展
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2022第十届上海国际生物发酵产品与技术装备展览会

主办方:中国生物发酵产业协会
会议时间:2022年12月1-3日
会议地点:上海新国际博览中心
会议主旨:为了更好地迎合行业发展,助力生物发酵相关企业把握市场机遇与挑战,将为生物发酵全产业链提供线上线下国际性贸易洽谈空间,为生物技术产业创新发展助力,迎接生物产业新蓝海。
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第六届求实抗体药物深度聚焦峰会

主办方:求实药社
会议时间:2023年2月22-23日
会议地点:苏州
会议主旨:深度探讨抗体药物开发中难点,分享最新技术与研究成果。把握当下生物药研发新动向,共同逐梦未来!
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SAPA-China中美连线&全球新药创新与临床开发大会

主办方:宁波前湾新区管理委员会美中医药开发协会(SAPA-China)
会议时间:2023年3月10日-12日
会议地点:宁波
会议主旨:在当前充满挑战的国内以及全球环境中,如何优化全球临床开发和跨境合作,成为制药企业急需面对的挑战。SAPA-China中美连线全球新药创新与临床开发大会横跨中美两地,连线业界精英,共议创新药开发的困境,机会和策略!
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I-RNA 2023 第三届核酸药物产业深度聚焦论坛

会议时间:2023年4月27日-28日
会议地点:苏州
会议主旨:携手80+行业大咖和1200+行业同仁,共同探讨核心技术分享最新成果,开启产业化征程!
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招聘信息


  • 望石智慧招聘计算化学研究员,CADD研究员,资深药学产品经理。工作地点:北京;药化总监,生物信息研究员。工作地点:上海。
  • 星药科技招聘生物总监,计算化学研究员。工作地点:上海;药物化学家,高级AIDD工程师。工作地点:北京。
  • 德睿智药招聘CADD工程师,资深CADD工程师,药物化学研发总监,药物化学科学家。工作地点:杭州;生物学总监。工作地点:苏州;药化总监,靶点选择(生物)组长。工作地点:上海。
各公司介绍,投递方式:
北京望石智慧科技有限公司

望石智慧(StoneWise),成立于2018年,是一家致力于用人工智能驱动新药研发的科技公司。结合人工智能、计算化学、计算生物学、量子化学和药物化学等多学科,打造世界领先的新型药物研发平台,提升新药研发中的效率和成功率。
具体信息及简历投递请戳我
星药科技

星药科技成立于2019年。我们希望用世界领先的人工智能技术推动新药研发。星药依托于尖端人工智能技术,并结合化学,生物学和云计算等技术,服务于first-in-class创新药、me-too-me-better药物和仿制药研发的各个流程。
简历投递:登录BOSS直聘搜星药科技进行投递
德睿智药

德睿智药专注于新药研发,拥有一站式AI驱动的药物研发平台——蛋白动态模拟平台Molecule Dance™,药物设计平台Molecule Pro™️和知识图谱平台PharmKG™。公司前身AI医药解决方案被Deep Pharma Intelligence评为“2018-2020全球最重要的11个AI药物研发突破性成就之一”;并曾在2020年从数百个欧盟项目中脱颖而出,入选“欧盟创新药物计划”数千万欧元资助项目。团队成员拥有诸多药物研发成功经验以及世界顶级论文包括《Nature》, 《Science》, 《Cell》。自研药物管线聚焦肿瘤领域。
简历投递:登录BOSS直聘搜德睿智药进行投递
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