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前言
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科研进展
- 2022年11月19日【图生成模型】用图生成多任务模型弥合基于靶标和基于细胞的药物发现之间的差距
- 2022年11月17日【药物发现】J. Med. Chem. | 靶向Gatekeeper突变的激酶药物发现
- 2022年11月15日【蛋白质组学】J. Chem. Inf. Model. | 机器学习在空间蛋白质组学中的应用
- 2022年11月15日【机器学习】ACS Chem. Neurosci. | 使用神经图像和血浆生物标记物的基于机器学习的主观认知衰退、轻度认知障碍和阿尔茨海默氏症分类
- 2022年11月15日【高通量实验】ACS Symposium Series | 利用高通量实验改善对特权制药结构的访问
- 2022年11月11日【药物相互作用】J. Med. Chem. | BRD4和ATAD2溴化域配体与碎片和PepLites相互作用的定位──类药物和类肽分子相互作用的卤代探针
- 2022年11月10日【SARS-CoV-2】J. Phys. Chem. Lett. | 两个SARS-CoV-2蛋白片段与α-Synuclein的适度结合改变了其毒性齐聚倾向
具体信息:
1.【图生成模型】新药的开发对于保护人类免受疾病的侵袭至关重要。在过去的几十年里,基于目标的筛选一直是开发新药最受欢迎的方法之一。该方法在体外有效地筛选目标蛋白的潜在抑制剂,但由于所选药物活性不足,在体内经常失败。需要精确的计算方法来弥补这一差距。在这里,我们提出了一个新的图多任务深度学习模型,以识别具有目标抑制和细胞活性(MATIC)属性的化合物。在精心策划的SARS-CoV-2数据集上,提出的MATIC模型在筛选体内有效化合物方面比传统方法具有优势。随后,我们研究了模型的可解释性,发现学习到的目标抑制(体外)或细胞活性(体内)任务的特征与分子性质相关性和原子功能注意不同。基于这些发现,我们利用基于Monte carlo的强化学习生成模型生成具有体外和体内药效的新型多属性化合物,从而弥合了基于靶点和基于细胞的药物发现之间的差距。该工具可在https://github.com/SIAT-code/MATIC免费访问。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01180
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01180
2.【药物发现】临床获得性耐药是使用小分子激酶抑制剂(SMKIs)治疗癌症的主要挑战。ATP结合激酶口袋中的看门人突变是导致获得性耐药的最常见突变。迄今为止,FDA已经批准了7种针对看门人突变的新一代激酶抑制剂;然而,临床需求仍未得到满足。在这里,我们系统地总结了激酶家族中看门人突变的类型、获得性耐药的结构基础和新开发的靶向看门人突变的SMKIs,并强调了靶向看门人突变的激酶药物发现的机遇和挑战。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.2c01361
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.2c01361
3.【蛋白质组学】
空间蛋白质组学是一门研究蛋白质定位和动态的交叉学科,近年来得到了广泛的关注,尤其是亚细胞蛋白质组学。大量证据表明,蛋白质的亚细胞定位与各种细胞过程和疾病进展相关。基于质谱(MS)和基于图像的实验方法已经发展起来,以获取大规模的空间蛋白质组数据。为了对日益复杂的空间蛋白质组数据进行可靠的分析,机器学习(ML)方法已广泛应用于基于ms和基于图像的空间蛋白质组数据分析管道中。本文从以下几个方面综述了ML在空间蛋白质组学中的应用:(1)全面介绍了空间蛋白质组学的数据资源;(2)阐述了不同ML算法在数据分析管道中的作用;(3)介绍了空间蛋白质组学的成功应用和结合ML方法的几种分析工具;(4)讨论了现代基于ml的空间蛋白质组学研究面临的挑战。这篇综述为试图应用ML方法分析空间蛋白质组数据的研究人员提供了指导,可以促进对细胞生物学的深刻理解,以及在医学和药物发现领域的未来研究。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c01161
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01161
4.【机器学习】
阿尔茨海默病(AD)从临床前到痴呆阶段不断发展。这一过程在痴呆症确诊前几十年就开始了。因此,发现早期表现以防止认知能力下降是至关重要的。人工智能的最新进展有助于处理临床决策中遇到的复杂高维数据。我们总共招募了206名受试者,其中69名认知功能正常,40名主观认知功能下降(SCD), 34名轻度认知功能障碍(MCI), 63名AD痴呆(ADD)。我们包括3个人口统计学特征,1个临床特征,18个脑图像特征和3个血浆生物标志物(Aß1-42, Aß1-40和tau蛋白)特征。我们采用线性判别分析方法进行特征提取,使降维后的数据更具可识别性。采用顺序正向选择方法进行特征选择,筛选出12个最适合机器学习分类器的特征。我们同时使用随机森林和支持向量机作为分类器。患者(合并ADD和MCI)与对照组的受试者手术曲线下面积(AUROC)接近0.9。SCD与对照组AUROC > 0.85, MCI与SCD AUROC > 0.90, ADD与MCI AUROC > 0.85。在机器学习算法的帮助下,我们可以通过血液生物标志物和大脑MR图像来区分AD谱的相邻阶段。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschemneuro.2c00255
DOI:https://doi.org/10.1021/acschemneuro.2c00255
5.【高通量实验】具有良好药物样特性的特权结构在广泛的生物活性化合物中重复出现,用于各种药物靶点。本章旨在展示最近的例子,强调高通量实验(HTE)是一种强大的工具,可以加速新的合成方法的开发,以改善在药物发现和开发连续体的完整光谱中对特权结构基序的获取。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/bk-2022-1420.ch006
DOI:10.1021/bk-2022-1420.ch006
6.【药物相互作用】
生物靶标配体的开发关键依赖于蛋白质上与高亲和力分子结合的位点的识别。一组被称为FragLites的化合物可以通过x射线晶体学识别这些位点,以及获得亲和力所需的相互作用。我们展示了FragLite在溴化结构域蛋白BRD4和ATAD2的结合位点映射方面的实用价值,并证明FragLite映射在识别配体结合位点和关键相互作用方面与完整的片段筛选相当。我们用类似的化合物扩展FragLite集,这些化合物来源于氨基酸(称为PepLites),模拟多肽的相互作用。FragLite图的输出显示了具有铅样效力的配体的发展。这项工作确立了在配体发现的早期阶段使用FragLite和PepLite筛选,从而快速评估蛋白质目标的可处理性,并为下游的命中查找提供信息。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.2c01357
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.2c01357
7.【SARS-CoV-2】
长时间COVID - 19的神经症状和病毒神经侵犯引起了人们对SARS-CoV-2蛋白段和神经元蛋白之间潜在相互作用的担忧,这可能带来感染后神经退行性变的风险,但其潜在机制尚不清楚。本文报道了穗蛋白的受体结合结构域(RBD)和包膜蛋白的9残基段(SK9)与α-突触核蛋白(αSyn)的结合Kd分别为503±24 nM和12.7±1.6 μM。RBD通过阻断非淀粉样蛋白-β成分区,介导β-片反平行结构转化,抑制αSyn纤维化。omicronrbd (BA.5)对αSyn有稍强的亲和力(Kd = 235±10 nM),这暗示了类似的作用,而SK9可能结合在c端,加速平行的含有β-片的低聚物的形成,并突然增加213%的膜破坏率。我们的结果为SARS-CoV-2感染后的影响和αSyn的寡聚倾向提供了合理的分子见解,αSyn与帕金森病相关。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.2c02278
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.2c02278
药企动态
- 2022年11月17日【CytomX】超20亿美元!再生元与CytomX合作开发新一代双抗
- 2022年11月16日【先声药业】首付款3000万美元!先声药业引进双食欲素受体拮抗剂抗失眠新药
- 2022年11月15日【罗氏】超20亿美元!罗氏再次携手Jnana公司,开发治疗癌症、免疫介导和神经系统疾病的小分子药物
- 2022年11月14日【智化科技】智化科技宣布同科因生物战略合作达到里程碑
- 2022年11月14日【邦耀生物】邦耀生物完成数亿元B轮融资,加速全球化细胞和基因药物研发进程
- 2022年11月14日【翰森制药】14.68亿元!翰森制药引进普米斯 EGFR/cMet 双抗药物PM1080
各动态具体信息,请滑动下方文字:
1.【CytomX】
11月17日,再生元与CytomX Therapeutics宣布达成一项合作和许可协议,利用CytomX的Probody therapeutic平台以及再生元的Veloci-Bi双特异性抗体开发平台,开发条件性激活的试验性新一代双特异性癌症疗法。
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2.【先声药业】
11月16日,先声药业与瑞士领先的生物制药公司Idorsia Ltd共同宣布,已就 Idorsia的新型抗失眠药物daridorexant在中国的开发签订独家许可协议。
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3.【罗氏】
11月15日,Jnana Therapeutics宣布该公司已经与罗氏(Roche)达成了第二项合作和许可协议,用于发现治疗癌症、免疫介导和神经系统疾病的小分子药物。这一合作涵盖了来自不同靶点类别的多个靶标,以解决高度未满足需求的疾病。新闻稿指出,Jnana将获得5000万美元的前期、重大的近期里程碑付款,并有资格获得超过20亿美元的潜在未来里程碑付款。
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4.【智化科技】
2022年11月14日,智化科技宣布同科因生物达成战略合作的里程碑,将共同致力于加速小分子药物研发的效率提升,改变新药研发的传统模式,为穿越“死亡之谷”提供“杖和竿”。
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5.【邦耀生物】
2022年11月14日,聚焦于基因和细胞治疗的上海邦耀生物科技有限公司(以下简称“邦耀生物”)宣布完成逾2亿元人民币B轮融资。本轮融资由上海自贸区基金领投,东方富海、天士力资本、贝达基金、歌斐资产等跟投。本轮融资后,邦耀生物将继续推进细胞和基因药物的转化及落地,并加大力度进一步加速全球化研发布局,助力全球生命科学发展,为全球遗传疾病、恶性肿瘤及自身免疫系统疾病等患者带去希望!
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6.【翰森制药】
2022年11月14日,翰森制药发布自愿公告「與普米斯訂立許可協議」,翰森制药(股票代码:http://3692.HK)与普米斯生物技术(珠海)有限公司(以下简称“普米斯”),共同宣布双方就普米斯主要在研药物PM1080,达成在大中华区(包括中国内地、香港、澳门和台湾)的开发及商业化独家合作和许可协议。
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会议信息
- 2022年11月中下旬 13:30-17:30 上海张江(集团)有限公司举办第二届张江AI智药峰会
- 2022年11月28-30日 易贸医疗药明生物举办2022第六届生物药工艺发展峰会
- 2022年12月1-3日 中国生物发酵产业协会举办2022第十届上海国际生物发酵产品与技术装备展览会
- 2023年2月22日-23日 求实药社举办第六届求实抗体药物深度聚焦峰会
- 2023年3月10日-12日 宁波前湾新区管理委员会美中医药开发协会(SAPA-China)举办SAPA-China中美连线&全球新药创新与临床开发大会
各会议具体详情和参会方式:
第二届张江AI智药峰会
主办方:上海张江(集团)有限公司
会议时间:2022年11月中下旬 13:30-17:30
会议地点:上海张江科学会堂
会议主旨:为进一步促进合作与交流,AI新药研发联盟邀请多位业内专家和相关企业举办第二届张江AI智药峰会,共同探讨AI与制药合作的现状和下一步发展。
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2022第六届生物药工艺发展峰会
主办方:易贸医疗药明生物
会议时间:2022年11月28-30日
会议地点:南京
会议主旨:深耕工艺技术,加速生物药发展
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2022第十届上海国际生物发酵产品与技术装备展览会
主办方:中国生物发酵产业协会
会议时间:2022年12月1-3日
会议地点:上海新国际博览中心
会议主旨:为了更好地迎合行业发展,助力生物发酵相关企业把握市场机遇与挑战,将为生物发酵全产业链提供线上线下国际性贸易洽谈空间,为生物技术产业创新发展助力,迎接生物产业新蓝海。
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第六届求实抗体药物深度聚焦峰会
主办方:求实药社
会议时间:2023年2月22-23日
会议地点:苏州
会议主旨:深度探讨抗体药物开发中难点,分享最新技术与研究成果。把握当下生物药研发新动向,共同逐梦未来!
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SAPA-China中美连线&全球新药创新与临床开发大会
主办方:宁波前湾新区管理委员会美中医药开发协会(SAPA-China)
会议时间:2023年3月10日-12日
会议地点:宁波
会议主旨:在当前充满挑战的国内以及全球环境中,如何优化全球临床开发和跨境合作,成为制药企业急需面对的挑战。SAPA-China中美连线全球新药创新与临床开发大会横跨中美两地,连线业界精英,共议创新药开发的困境,机会和策略!
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招聘信息
- 水木未来招聘结构生物学产品经理,AI For Cryo-EM算法工程师,项目专员。工作地点:北京。
- 深势科技招聘机器学习平台开发工程师(JE6BL),产品经理(J1SPL)。工作地点:北京。
- 望石智慧招聘计算化学研究员,CADD研究员,资深药学产品经理。工作地点:北京;药化总监,生物信息研究员。工作地点:上海。
各公司介绍,投递方式:
水木未来
水木未来(北京)科技有限公司于2017年成立于北京清华园,是一家专注于临床前新药研发加速服务的平台型公司。公司依托清华大学自主研发的革命性结构解析方法学与AI技术,拥有顶级的生命科学专家技术团队,致力于为全球制药公司和生命科技公司提供新药靶点验证,化合物库筛选,先导化合物发现,以及治疗性抗体研发等综合性技术服务。
简历投递:登录BOSS直聘搜水木未来进行投递
深势科技
深势科技是一家成立于2018年的药物研发算法科技公司,致力于运用新一代分子模拟技术解决药物研发难题,实现药物分子的理性发现和设计。公司核心团队来自北京大学、普林斯顿大学、上海药物研究所等高校和科研机构,在机器学习、第一性原理建模、RiD高效采样、生成算法等方面有着深厚的技术积累,在小分子药物设计和大分子药物设计领域有着丰富的项目经验。公司已在小分子药物筛选与优化、药物ADMET性质预测、结合自由能微扰、多肽药物设计等领域提出更加高效和准确的解决方案,并与诸多来自学界和工业界的客户开展合作。目前已经获得来自知名投资机构的近2000万元天使投资。
简历投递:登录BOSS直聘搜深势科技进行投递
北京望石智慧科技有限公司
望石智慧(StoneWise),成立于2018年,是一家致力于用人工智能驱动新药研发的科技公司。结合人工智能、计算化学、计算生物学、量子化学和药物化学等多学科,打造世界领先的新型药物研发平台,提升新药研发中的效率和成功率。
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